都說益生菌菌株的是有特異性的，其實安全性也一樣，幼兒益生菌所采用的菌株應通過全基因組測序，不攜帶任何不良基因，這樣使用安全才有保障。幼兒益生菌產品，專業可靠是關鍵。
益生菌菌株的安全性評估應基于全基因組測序：
益生菌菌株是否攜帶耐藥基因；
益生菌菌株是否含有致病性基因；
益生菌菌株是否攜帶環境抗性基因。
動物雙歧桿菌Bb-12和鼠李糖乳桿菌LGG分別于2004年和2009年完成全基因組測序，分別保藏于德國微生物及細胞保藏中心（DSM）和美國典型菌種保藏中心（ATCC）。鼠李糖乳桿菌HN001和乳雙歧桿菌HN019則存放于澳大利亞化學分析實驗室（AGAL）。
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